Uma missão será em Tatooine, onde o Aprendiz irá atrás de Obi-Wan Kenobi, passando pelo palácio de Jabba. A segunda missão será em Hoth, onde o Aprendiz, agora como Mestre Jedi, luta contra Luke Skywalker. A missão em Hoth será exclusiva para a Ultimate Sith Edition mas a missão em Tatooine será oferecida como DLC para donos da edição normal.
As novas missões expandem a história contada no jogo original mostrando o que teria acontecido se o Lado Negro tivesse vencido, ou seja, toma como ponto de partida o final onde o Aprendiz elimina Vader e toma seu lugar.